学校1978年开始招收硕士研究生，1981年被国务院批准为首批硕士学位授予单位，2003年获得博士学位授予权，2009年开始招收全日制专业硕士研究生，2017年开始招收非全日制专业学位研究生。学校目前拥有各类在校博士、硕士研究生6500余人。2023年计划招收全日制硕士研究生2100人、非全日制硕士研究生205人，实际招生计划以教育部下达的为准。

2023年曲阜师范大学硕士研究生招生简章

2023年曲阜师范大学硕士研究生招生专业目录